Our Services

전사체 전장 시퀀싱

Whole Transcriptome Sequencing — 원핵 및 진핵 샘플에서 고함량 RNA를 제거한 Total RNA 시퀀싱 서비스

Service Summary

서비스 개요

  • QIAsymphony 기반 PaxGene Blood RNA Kit을 이용한 RNA 추출 (미추출 샘플 접수 시)
  • Invitrogen Qubit, Agilent Bioanalyzer 및 TapeStation을 활용한 품질 관리
  • Illumina 키트를 이용한 라이브러리 제조 및 샘플 인덱싱
  • Hamilton NGS STAR 자동화 라이브러리 제조
  • NovaSeq 6000 플랫폼, 샘플당 ≥ 2,500만 리드 (R1 + R2 = 5,000만 리드) 출력
  • 예상 소요 기간: 4~5주 (프로젝트에 따라 상이하며, 보장되지 않음)
Sample Requirements

샘플 요구사항

샘플 유형별 권장 투입량 및 운반 방법을 확인하세요.

샘플 유형 권장 투입량 운반 방법
전혈 (신선/동결) 2.5 mL (PaxGene 튜브) 또는 650 μL ~ 1 mL (2 mL 튜브) 3일 이내: 상온 / 3일 초과: 드라이 아이스
조직 (Tissue) 30 ~ 50 mg 드라이 아이스
FFPE 조직 4 ~ 6 절편 (10 μm) 또는 8 ~ 10 절편 (5 μm) 상온 배송
세포 펠릿 (Cell Pellet) ≥ 10⁶ (진핵세포) / ≥ 10⁸ (미생물) 드라이 아이스
Total RNA 50 μL, > 30 ng/μL, RIN ≥ 7.0 드라이 아이스
Quality Evaluation

샘플 품질 평가 방법

농도 측정
  • 형광 측정법 사용 권장 (예: Qubit, Quant-it)
  • 최소 RNA 투입량: 100 ng (프로토콜 허용 범위: 1 ~ 1,000 ng)
  • 저품질 RNA (RIN ≥ 2) 또는 FFPE 샘플 (DV200 > 55%) 에 최적화: 10 ~ 100 ng
  • 흡광도 기반 측정(Nanodrop 등)은 권장하지 않음
RNA 품질
  • 모세관 전기영동 필수 (Fragment Analyzer, Bioanalyzer, TapeStation)
  • RIN 기준: ≥ 7.0 (일반 샘플)
  • FFPE 샘플: 모세관 전기영동으로 DV200 값 확인 필수
  • 겔 전기영동 방법은 권장하지 않음

위 기준을 충족하지 못하거나 샘플이 권장 기준 이하인 경우, 진행 전에 반드시 실험실에 문의하시기 바랍니다.

What We Do With Your Samples

샘플 처리 방식

1

수령 검수 (Reception Control)

샘플이 도착하면 Silk Omics에서 요구 사양 충족 여부를 확인하는 수령 검수 단계를 시작합니다.

2

검수 실패 시

품질 기준을 충족하지 못한 경우 고객에게 연락하여 가능한 처리 방안을 협의합니다. 기준 미달 샘플로 진행을 선택하시는 경우, 결과에 대한 책임은 고객에게 있으며 라이브러리 제조는 1회만 시도하고, 결과와 무관하게 라이브러리 제조 비용 전액이 청구됩니다.

3

검수 통과 시

수령 검수를 통과한 샘플은 고객에게 결과를 안내하고, 라이브러리 제조 대기열에 배정됩니다.

Library Preparation

라이브러리 제조 방법

Illumina Ribo-Zero Plus 고갈 키트를 사용하여 인간, 마우스, 랫트 및 박테리아 유래 리보솜 RNA와 글로빈 RNA를 제거합니다. 저투입 샘플에도 적용 가능하며, mRNA, 비폴리아데닐화 비코딩 RNA, 미스플라이싱(unspliced) 전사체 등 다양한 RNA 분자를 포괄적으로 분석합니다.

  • 인간·마우스·랫트·박테리아의 rRNA 및 글로빈 RNA 선택적 제거
  • mRNA, 비코딩 RNA(ncRNA), 비폴리아데닐화 전사체 분석 지원
  • 저투입 및 저품질 샘플(RIN ≥ 2)에도 적용 가능
  • FFPE 샘플 (DV200 > 55%) 지원
  • 라이브러리 QC: qPCR 농도 평가 + Bioanalyzer 단편 크기 분석
  • QC 통과 후 라이브러리 정규화 및 풀링 후 시퀀싱 진행
WTS는 전사체 전반을 포괄적으로 분석함으로써 mRNA뿐 아니라 비코딩 RNA 및 다양한 전사체를 동시에 탐지할 수 있어, 유전자 발현 프로파일링 및 전사체 기반 연구에 최적화되어 있습니다.
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