Our Services

전장 유전체 시퀀싱

Whole Genome Sequencing — 전체 유전체 샷건 DNA 라이브러리 기반 분석 서비스

Service Summary

서비스 개요

  • QIAsymphony 기반 Qiagen 키트를 이용한 DNA 추출 (미추출 샘플 접수 시)
  • Victor Nivo Multimode Microplate Reader를 활용한 품질 관리
  • Illumina 키트를 이용한 라이브러리 제조 및 샘플 인덱싱
  • Hamilton NGS STAR 자동화 라이브러리 제조
  • NovaSeq 6000 플랫폼, 30× 커버리지 시퀀싱
  • 예상 소요 기간: 2~3주 (프로젝트에 따라 상이하며, 보장되지 않음)
Sample Requirements

샘플 요구사항

샘플 유형별 권장 투입량 및 운반 방법을 확인하세요.

샘플 유형 권장 투입량 운반 방법
전혈 — 신선 (Whole Blood, Fresh) 650 μL ~ 1 mL 블루 아이스
전혈 — 동결 (Whole Blood, Frozen) 650 μL ~ 1 mL 드라이 아이스
구강 스왑 (Buccal Swab) 키트 지침에 따름 일반 배송
조직 (Tissue) 30 ~ 50 mg 드라이 아이스
FFPE 조직 4 ~ 10 절편 (두께에 따라 상이) 상온 배송
세포 펠릿 (Cell Pellet) ≥ 10⁶ (진핵세포) / ≥ 10⁸ (미생물) 드라이 아이스
타액 (Saliva) 650 μL ~ 1 mL 드라이 아이스 또는 블루 아이스
유전체 DNA (RNA 미포함) 50 μL, > 20 ng/μL 드라이 아이스
Quality Evaluation

샘플 품질 평가 방법

농도 측정
  • 형광 측정법 사용 권장 (예: Qubit, Quant-it)
  • 흡광도(Absorbance) 측정은 권장하지 않음
  • 정확한 정량을 위해 형광 기반 방법이 필수적임
순도 기준
  • 완충액: EB 버퍼 사용 필수 (EDTA 또는 증류수 사용 불가)
  • A260/280 비율: 1.8 ~ 2.0
  • A260/230 비율: 2.0 ~ 2.2
What We Do With Your Samples

샘플 처리 방식

1

수령 검수 (Reception Control)

샘플이 도착하면 Silk Omics에서 요구 사양 충족 여부를 확인하는 수령 검수 단계를 시작합니다.

2

검수 실패 시

품질 기준을 충족하지 못한 경우 고객에게 연락하여 가능한 처리 방안을 협의합니다. 기준 미달 샘플로 진행을 선택하시는 경우, 결과에 대한 책임은 고객에게 있으며 라이브러리 제조는 1회만 시도하고, 결과와 무관하게 라이브러리 제조 비용 전액이 청구됩니다.

3

검수 통과 시

수령 검수를 통과한 샘플은 고객에게 결과를 안내하고, 라이브러리 제조 대기열에 배정됩니다.

Library Preparation

라이브러리 제조 방법

Illumina 태그멘테이션(tagmentation) 기반 PCR-free 방식을 적용합니다. 이 방법은 삽입 단편 크기가 약 350 bp인 샘플에 적합하며, TruSeq PCR-free 프로토콜보다 적은 DNA 투입량으로도 적용할 수 있습니다.

  • PCR 기반 방법 대비 GC-rich 영역에서 우수한 커버리지 제공
  • 유전체 전반에 걸친 균일한 리드 분포
  • 딥 시퀀싱 및 고커버리지 분석에 최적화
  • 삽입 단편(insert) 크기: 약 350 bp
  • TruSeq PCR-free 프로토콜보다 적은 DNA 투입량으로도 적용 가능
Expected Results

예상 결과

PCR-free 라이브러리는 딥 시퀀싱을 통한 고커버리지 유전체 분석에 적합하며, PCR 증폭 기반 방법 대비 유전체 균일성이 뚜렷하게 향상됩니다.

GC-rich 영역 및 반복 서열 등 기존 방법에서 커버리지가 낮아지기 쉬운 영역에서도 일관된 리드 분포를 유지하여, 신뢰도 높은 변이 분석 결과를 제공합니다.

PCR-free 라이브러리는 딥 시퀀싱을 통한 고커버리지 유전체 확보에 적합하며, 유전체 균일성이 입증적으로 향상됩니다.
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