Our Services

샷건 메타게놈 시퀀싱

Shotgun Metagenome Sequencing — 미생물 군집의 다양성 분석 및 구성 종의 역할 규명 서비스

Service Summary

서비스 개요

  • QIAsymphony 기반 Qiagen 키트를 이용한 DNA 추출 (미추출 샘플 접수 시)
  • Illumina DNA Prep Kit을 이용한 라이브러리 제조 및 샘플 인덱싱
  • Hamilton NGS STAR 자동화 라이브러리 제조
  • Qubit Flex Fluorometer 및 Agilent TapeStation을 이용한 품질 관리
  • Illumina 플랫폼, 샘플당 2,000만 리드 (R1 + R2 = 4,000만 리드) 출력
  • 단일 종 또는 혼합 종 샘플 모두 접수 가능
  • 예상 소요 기간: 2~3주 (프로젝트에 따라 상이하며, 보장되지 않음)
Sample Requirements

샘플 요구사항

샘플 유형별 권장 투입량을 확인하세요. 운반 조건은 고객 서비스 담당자와 협의하여 확정합니다.

샘플 유형 권장 투입량 운반 방법
대변/분변 (Stool/Fecal) ≥ 200 mg 고객 서비스 문의
타액 (Saliva) ≥ 200 mg 고객 서비스 문의
토양/환경 (Soil/Environmental) ≥ 500 mg 고객 서비스 문의
구강 스왑 (Buccal Swab) 키트 제조사 지침에 따름 고객 서비스 문의

인간, 포유류, 식물, 미생물, 바이러스 등 광범위한 종의 샘플과 호환됩니다. 위 목록 외 다른 샘플 유형 및 운반 조건에 대해서는 고객 서비스 담당자에게 문의하시기 바랍니다.

Quality Evaluation

샘플 품질 평가 방법

농도 측정
  • 형광 측정법 사용 권장 (예: Qubit, Quant-it)
  • 흡광도 기반 측정(Nanodrop 등)은 권장하지 않음
  • 고분자량(High Molecular Weight) DNA 상태 유지 필수
순도 기준
  • 완충액: EB 버퍼 사용 필수 (EDTA 또는 증류수 사용 불가)
  • A260/280 비율: 1.8 ~ 2.0
  • A260/230 비율: 2.0 ~ 2.2
  • 기준에 미치지 못하는 경우 배송 전 반드시 실험실에 문의
What We Do With Your Samples

샘플 처리 방식

1

수령 검수 (Reception Control)

샘플이 도착하면 Silk Omics에서 요구 사양 충족 여부를 확인하는 수령 검수 단계를 시작합니다.

2

검수 실패 시

품질 기준을 충족하지 못한 경우 고객에게 연락하여 가능한 처리 방안을 협의합니다. 기준 미달 샘플로 진행을 선택하시는 경우, 결과에 대한 책임은 고객에게 있으며 라이브러리 제조는 1회만 시도하고, 결과와 무관하게 라이브러리 제조 비용 전액이 청구됩니다.

3

검수 통과 시

수령 검수를 통과한 샘플은 고객에게 결과를 안내하고, 라이브러리 제조 대기열에 배정됩니다.

Library Preparation

라이브러리 제조 방법

Illumina DNA Prep Kit을 사용하여 다양한 DNA 입력물로부터 시퀀싱 준비가 완료된 라이브러리를 빠르고 안정적으로 제조합니다.

  • 인간, 환경, 미생물 등 다양한 샘플 유형에 적용 가능
  • 시퀀싱에 바로 사용 가능한 정규화 라이브러리 제조
  • GC-rich 영역을 포함한 유전체 전반에 걸친 균일한 커버리지
  • 복합 미생물 군집 내 저빈도 종(low-abundance species) 탐지 지원
Library QC & Sequencing

라이브러리 QC 및 시퀀싱

라이브러리 제조 완료 후 농도와 단편 크기를 평가하여 QC 기준을 통과한 라이브러리를 정규화·풀링한 뒤 시퀀싱을 진행합니다.

  • Qubit Flex Fluorometer를 이용한 라이브러리 농도 측정
  • Agilent TapeStation을 이용한 단편 크기 분석
  • QC 통과 후 라이브러리 정규화 및 풀링
  • Illumina 플랫폼에서 페어드엔드 2 × 150 bp 시퀀싱 진행
  • 샘플당 2,000만 리드 (R1 + R2 = 4,000만 리드) 출력
Expected Results

예상 결과

샷건 메타게놈 시퀀싱은 박테리아, 고균(Archaea), 바이러스, 진균을 포함한 미생물 군집에 대한 포괄적이고 비편향적인 프로파일링을 제공합니다.

딥 시퀀싱과 최적화된 라이브러리 제조를 통해 저빈도 종까지 탐지할 수 있으며, 복잡한 군집 내 종 조성 및 기능적 특성을 높은 해상도로 분석할 수 있습니다.

배양 과정 없이 환경 샘플에서 직접 미생물 군집 전체를 분석할 수 있어, 기존 배양 기반 방법으로는 탐지하기 어려운 종의 존재 및 기능 정보를 제공합니다.
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